Die deutsche Biokraft-NachV berührt neben Fragen zur Nachhaltigkeit zusätzlich zuwendungsrechtliche Regelungen. Deshalb musste die Verordnung von der EU-Kommission notifiziert werden, das heißt, es musste von der Kommission geprüft werden, ob die deutsche Regelung europarechtskonform ist. Diese Prüfung hat im Sommer 2009 stattgefunden; die Kommission hat festgestellt, dass mit der deutschen Nachhaltigkeitsverordnung nicht gegen europäisches Beihilferecht verstoßen wurde.